A fosfatase alcalina baixa é relativamente rara. Se for ligeiramente baixa, geralmente não tem significado clínico. Se for significativamente baixa, pode ser observada em doenças renais, hipotiroidismo, tumores malignos e outras doenças. A fosfatase alcalina encontra-se principalmente no fígado, nos ossos, nos rins e noutros órgãos ou tecidos humanos e é um indicador importante de obstrução biliar extra-hepática, de lesões intra-hepáticas que ocupam espaço e de doença óssea. Clinicamente, a fosfatase alcalina elevada é geralmente mais comum, a fosfatase alcalina baixa é rara, se for ligeiramente baixa, geralmente não tem significado clínico, pode ser vista em pessoas normais. No entanto, se o nível baixo de fosfatase alcalina for elevado, pode ser considerado como resultado de factores patológicos. Os doentes com desnutrição, hipotiroidismo, anemia perniciosa, etc. têm uma capacidade metabólica diminuída, o que reduz a síntese de proteínas e leva a níveis mais baixos de fosfatase alcalina. As doenças renais, como a nefrite crónica, aumentam a taxa de filtração glomerular e o organismo perde mais proteínas, o que diminui a fosfatase alcalina. Além disso, certas doenças de consumo, como o cancro gástrico, o cancro do fígado, o cancro do pulmão e outras doenças neoplásicas malignas, fazem com que o organismo consuma mais proteínas, e mesmo doenças malignas, o que resulta numa diminuição significativa da fosfatase alcalina. Se o doente tiver uma fosfatase alcalina baixa durante muito tempo ou repetidamente, recomenda-se que consulte um médico a tempo de identificar a causa da doença e efetuar um tratamento orientado para evitar atrasar a condição.