Como a principal causa da sinusite gástrica atrófica crónica se deve à infeção por Helicobacter pylori, o principal tratamento medicamentoso é a erradicação do tratamento com Helicobacter pylori, que é principalmente uma terapia quádrupla contendo bismuto, incluindo dois antibióticos, como Amoxicilina, Claritromicina, Metronidazol e Furazantidina, etc., mas é necessário escolher antibióticos através do médico profissional ao escolher antibióticos. Inclui também bismuto, protectores da mucosa gástrica, como a pectina coloidal de bismuto e o citrato de bismuto e potássio. Existem também inibidores da bomba de protões, como o omeprazol, o lansoprazol, o rabeprazol e o pantoprazol. O estilo de vida e a alimentação devem incluir uma dieta de fácil digestão, abstinência de tabaco e álcool e um horário regular. Pode ser administrado tratamento sintomático se for acompanhado de sintomas como inchaço, arrotos, etc. Pode ser administrado para melhorar a dinâmica gástrica de medicamentos, como a domperidona, a mosaprida, etc.