Há muitas causas de excrementos negros, tanto fisiológicas como patológicas. As causas patológicas são principalmente causadas por pequenas quantidades de hemorragias no tracto gastrointestinal superior, principalmente por lesões no esófago, estômago e duodeno, tais como úlceras gástricas, tumores malignos do estômago, varizes esofágicas no fundo, etc. As causas fisiológicas devem-se principalmente à dieta e à medicação. Dieta, tais como vários produtos sanguíneos ou alimentos de cor escura; medicamentos, tais como medicina ocidental, suplementos de ferro para anemia, suplementos de bismuto para proteger a mucosa gástrica no tratamento de doenças gástricas, e tomar tónicos herbáceos chineses também podem resultar em fezes de cor escura. Portanto, quando aparecem fezes negras, deve ser feita uma rotina de fezes para distinguir entre fisiológicas ou patológicas e depois eliminá-las ainda mais.