A infeção por EBV em crianças é geralmente uma doença mais grave, causando principalmente mononucleose infecciosa, mas também com linfoma infantil, carcinoma nasofaríngeo e assim por diante. O EBV invade principalmente crianças e adolescentes, geralmente infectados através da cavidade oral, proliferando na faringe, causando sintomas de amigdalite e faringite, e pode entrar na corrente sanguínea e envolver o sistema linfático ao redor do corpo, o coração, fígado, rins, pulmões, pele, o sistema central e outros órgãos importantes podem ser infiltrados, com focos necróticos limitados. As crianças com infeção por EBV apresentam geralmente febre alta recorrente, amígdalas aumentadas, dores de garganta, gânglios linfáticos aumentados em todo o corpo, fígado e baço aumentados, acompanhados de erupção cutânea polimórfica, etc. É uma doença autolimitada e a maioria delas tem uma boa recuperação, que dura geralmente 2 a 4 semanas. Nalgumas crianças, a recuperação é mais lenta, ou desencadeiam-se complicações como miocardite, meningoencefalite e nefrite, que duram vários meses e podem ser fatais em casos graves. Por conseguinte, as crianças com infeção por EBV são aconselhadas a seguir as instruções do médico para um tratamento normalizado e a consultar o médico em qualquer altura se sentirem algum desconforto, para não serem negligentes e não atrasarem a doença.