Os malefícios da quiroprática pediátrica reflectem-se principalmente no facto de a quiroprática levar facilmente ao aparecimento de sintomas de desconforto pediátrico, sendo recomendável seguir rigorosamente as instruções do médico para garantir a segurança do tratamento pediátrico. Esta terapia tem o efeito de dragar os meridianos e os canais, ajustar o yin e o yang, promover o funcionamento do qi e do sangue, melhorar a função dos órgãos internos e aumentar a capacidade do organismo de resistir às doenças. É habitualmente utilizado no tratamento do cancro pediátrico (uma doença crónica das crianças, que se manifesta por emaciação, dieta anormal, distensão abdominal, afinamento e amarelecimento do cabelo, etc.), indigestão, tosse, choro noturno e outras condições. Além disso, também pode ser utilizada como método de massagem de cuidados de saúde. Se a massagem pediátrica e o amassamento quiroprático não forem realizados de forma adequada, demasiado longos ou demasiado frequentes, podem facilmente provocar dores locais, hematomas e edemas e outros sintomas incómodos, afectando a saúde da criança. As contra-indicações para esta terapia são a pele gretada na coluna vertebral ou furúnculos e doenças de pele. Deve ser utilizada com precaução em pessoas com febre alta, doenças cardíacas ou tendência para hemorragias. As precauções são principalmente no sentido de que as crianças não devem fazer demasiadas sessões por dia, nem cada sessão deve ser demasiado longa, especialmente para aquelas que são fisicamente fracas. Os pais são aconselhados a levar as crianças ao hospital para tratamento, para garantir que o tratamento é seguro.