A RM é utilizada principalmente para examinar doenças do sistema nervoso central, articulações e seus tecidos moles circundantes, e malformações vasculares. Doenças específicas tais como enfarte cerebral, hemorragia cerebral, bem como lesões profissionais intracranianas, mielite, ocupações da medula espinal e malformações vasculares da coluna vertebral. Tem boa resolução no exame dos tecidos moles das articulações, tais como discos, ligamentos e doenças meniscais. Contudo, não é uma boa escolha para examinar órgãos ocos como o tracto gastrointestinal, e tecidos contendo muitos gases, como lesões pulmonares.