O desenvolvimento de quistos epididimários está intimamente relacionado com infecções agudas e, na maioria dos casos, requer a aplicação regular de medicação durante 5 a 7 dias antes de se conseguir um alívio significativo. A aplicação geral do tratamento com medicamentos anti-inflamatórios para os quistos epididimários é principalmente para a acumulação de fluidos causada por uma infeção aguda. Os clínicos necessitam de uma aplicação regular de medicamentos anti-inflamatórios, medicamentos vulgarmente utilizados como a levofloxacina, na maioria dos casos através do uso regular de medicação durante 5 a 7 dias, a inflamação diminui e os quistos podem desaparecer. Durante este período, a maioria deles pode ser tratada com fisioterapia, e as compressas quentes locais são geralmente opcionais. Uma vez que os quistos epididimários são acompanhados por inchaço e dor óbvios na zona púbica, é necessário ser hospitalizado a tempo para observação e tratamento padrão sob a orientação do médico após o diagnóstico, de modo a evitar atrasar a condição.