As pedras urológicas têm muitos efeitos nocivos, incluindo os seguintes: podem causar directamente danos, obstrução, infecção e mesmo alterações malignas no tracto urinário. A irritação directa das próprias pedras pode causar congestão, edema e mesmo erosão ou descolamento da mucosa do tracto urinário. Algumas pedras maiores ou pedras incrustadas no lúmen podem causar ulceração local, granulomas ou estrangulamentos cicatriciais, ocasionalmente com alterações malignas. As alterações patológicas mais importantes após a obstrução das vias urinárias por pedras são a hidronefrose e a insuficiência renal, dependendo da localização e da extensão da obstrução. Devido ao lúmen fino do ureter, o grau de obstrução é frequentemente grave e tende a levar a danos renais progressivos, principalmente sob a forma de aumento da pressão na pélvis renal, condutas de recolha e interstitio, dilatação da pélvis renal e das calicias, e uma diminuição da taxa de filtração glomerular e do fluxo de plasma renal. Se a obstrução persistir, ocorrerão, até certo ponto, danos irreversíveis à função renal. Quando os cálculos urinários são combinados com a obstrução, a estagnação da urina pode por vezes levar à infecção do tracto urinário, que por sua vez pode levar à precipitação e precipitação de cristais, resultando num rápido aumento do tamanho dos cálculos existentes, o que agrava ainda mais a obstrução, criando assim um círculo vicioso.