O transplante autólogo de células estaminais pode tratar o linfoma, embora não seja uma cura, pode consolidar a eficácia e reduzir a taxa de recorrência. O transplante autólogo de células estaminais consiste em matar ao máximo as células do linfoma, após um pré-tratamento intenso de radioterapia e quimioterapia, e em transplantar as células estaminais autólogas para o organismo, de modo a que as funções hematopoiéticas e imunitárias possam ser restabelecidas o mais rapidamente possível. As células estaminais autólogas podem provir da medula óssea ou do sangue periférico e o transplante de células estaminais autólogas não tem reação de rejeição, pelo que é mais eficaz. Embora o transplante autólogo de células estaminais, a radioterapia e a quimioterapia não possam tratar o linfoma fundamentalmente, têm um melhor efeito na consolidação do efeito do tratamento. Nem todos os doentes com linfoma são adequados para o transplante autólogo de células estaminais, os médicos terão em conta as indicações e contra-indicações de acordo com o estado do doente para avaliar se o doente é adequado para este tratamento.