A diferença entre a Gastrenterologia e a Gastroenterologia reside nos seus diferentes focos, sendo a Gastroenterologia um departamento de medicina interna e a Gastroenterologia um departamento cirúrgico.
A Gastroenterologia é um departamento do aparelho digestivo que pertence à medicina interna, sendo responsável principalmente pelo tratamento de doenças digestivas não cirúrgicas, como a gastroenterite aguda, a gastroenterite crónica, a úlcera gástrica, a úlcera duodenal, a dispepsia, a disbiose intestinal, a colecistite, a disenteria bacilar, a tuberculose intestinal, a doença hepática alcoólica e outras doenças digestivas que são frequentemente tratadas principalmente com medicamentos.
A gastrenterologia é um departamento do aparelho digestivo integrado no Departamento de Cirurgia e é principalmente responsável pelo tratamento cirúrgico das doenças do aparelho digestivo, tais como as lesões que ocupam espaço, como os cancros gástricos e intestinais, bem como a perfuração gástrica e as lacerações do esófago, que requerem tratamento cirúrgico.