Para os bebés com intolerância à lactose, recomenda-se uma fórmula hipoalergénica, como uma fórmula parcialmente hidrolisada, uma fórmula com proteínas profundamente hidrolisadas ou, no caso de alergias graves, uma fórmula de aminoácidos. Para as crianças com mais de dois anos de idade, pode também ser substituída por uma dieta sem proteínas do leite de vaca, à medida que vão transitando gradualmente para uma dieta regular. A alergia ligeira a moderada às proteínas do leite pode ser aliviada em mais de 92% dos casos através do consumo de fórmulas profundamente hidrolisadas.