O tratamento habitual da tuberculose linfática é de 6 a 9 meses, podendo ser de 1 a 2 anos, caso se desenvolva uma infeção por bactérias resistentes aos medicamentos. O tratamento da tuberculose linfática também se divide geralmente numa fase intensiva e numa fase de consolidação. A fase intensiva é normalmente tratada com uma combinação quádrupla de medicamentos anti-tuberculose, como a isoniazida, a rifampicina, a pirazinamida e o etambutol, e dura geralmente 2 a 3 meses. A fase de consolidação do tratamento, que dura normalmente 4 a 6 meses, utiliza duas combinações de medicamentos anti-tuberculose, como a isoniazida e a rifampicina. O tratamento continua a destruir os bacilos residuais da TB e a reduzir e evitar as hipóteses de recidiva. Em caso de infeção por bacilos da TB resistentes aos medicamentos, são necessários medicamentos anti-tuberculose de segunda linha, como a moxifloxacina e a linezolida, potencialmente durante 1 a 2 anos. O curso do tratamento da TB deve ser determinado pelo estado do doente e recomenda-se que seja efectuado sob a orientação de um especialista.