Após cinco anos de medicação para o VIH, geralmente não se verificam efeitos secundários significativos, mas algumas pessoas podem apresentar anomalias nas funções hepática e renal, sonolência, erupções cutâneas, etc. Os medicamentos antivirais para o VIH têm de ser aplicados durante muito tempo e, quando aplicados durante muito tempo, podem ocorrer certos efeitos secundários. Se é necessário mudar o medicamento ou interrompê-lo, deve seguir-se o conselho do médico. Os medicamentos antivirais nucleósidos, como o tenofovir, embora os efeitos secundários sejam ligeiros, a utilização a longo prazo afectará os rins, mas também afectará o metabolismo do cálcio e do fósforo, pelo que a função renal deve ser monitorizada durante a utilização dos medicamentos. Se o medicamento efavirenz e outros medicamentos inibidores da antitranscriptase não nucleótidos, podem apresentar sonolência, insónia e outros sintomas neurológicos. Os inibidores da protease, como o lopinavir, são propensos a um metabolismo anormal dos lípidos e a diarreia nas fases iniciais. Quando se sofre de SIDA, é necessário procurar ativamente tratamento médico e os medicamentos devem ser aplicados de forma racional, de acordo com o aconselhamento médico.