Os efeitos secundários mais comuns da Coenzima Q10 são principalmente reacções adversas gastrointestinais, tais como diarreia, flatulência, náuseas e vómitos, e também podem ocorrer condições de pele tais como prurido e erupções cutâneas. Se o doente for também diabético, a glicose no sangue precisa de ser rigorosamente monitorizada enquanto toma a droga. A coenzima Q10 tem um efeito hipoglicémico ligeiro, embora não seja recomendada para mulheres grávidas ou a amamentar, bem como para crianças, e as pacientes com função hepática e função renal gravemente afectada precisam de usar a droga com cautela. Aconselha-se aos pacientes com função hepática prejudicada ou com função renal gravemente comprometida a consultar um médico quando não se encontram bem e a descobrir a forma adequada de tomar o fármaco de acordo com os resultados dos testes e o seu estado.