A colonoscopia não requer anestesia e embora possa haver dor abdominal com a e-colonoscopia, é tolerável e varia de pessoa para pessoa. O médico que efectua a colonoscopia decidirá se deve ou não continuar com o teste, dependendo do grau de tolerância do paciente. Se o paciente não o puder tolerar, o procedimento pode ser interrompido, para que possa ficar descansado. Claro que, dependendo do hospital, pode escolher se deseja uma colonoscopia normal ou uma colonoscopia indolor, mas uma colonoscopia indolor requer anestesia e existem definitivamente riscos e efeitos secundários da anestesia, pelo que deve considerar isto cuidadosamente. Não é necessário ou recomendado ter um anestésico para uma colonoscopia.