A cavidade oral alberga um grande número de bactérias que formam uma vasta flora e estas bactérias tendem a causar alguns danos na boca. Convencionalmente, existem microrganismos cariogénicos como Streptococcus, Lactobacillus e Actinobacillus, sendo o mais comum o Streptococcus pyogenes, que pode causar cáries. Normalmente, o Lactobacillus também tende a causar cáries de sulco e o Actinobacillus tende a causar cáries da superfície radicular na dentição, uma condição que geralmente também requer o metabolismo dos açúcares. Se houver doença periodontal, também pode haver Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, etc., que são todos propensos à doença periodontal, muitas bactérias na boca são propensas a causar danos à cavidade oral, e é importante controlar a flora na boca, e o enxaguatório bucal é frequentemente usado para inibir o desenvolvimento da flora na boca, por exemplo, enxágüe composto de clorexidina.