A duração da gastroscopia varia de 3 a 10 minutos, dependendo da condição física do doente, do tipo de doença e da preparação. O processo de gastroscopia pode causar irritação da cartilagem epigástrica, do esófago e de outras partes do corpo, sendo alguns tecidos mais sensíveis. A duração do procedimento e o tempo necessário para o exame são alargados em comparação com a doença inflamatória, uma vez que são necessárias biópsias do tecido hiperplásico em doentes com lesões ocupacionais no estômago. Em circunstâncias normais, o doente deve abster-se de ingerir qualquer alimento durante 8 horas ou mais, para garantir que a gastroscopia é realizada sem problemas e para reduzir o desconforto causado por náuseas, refluxo ácido e vómitos, bem como para reduzir a duração do exame.