Os defeitos atriais e ventriculares são mais graves se o defeito for da mesma magnitude. Se o defeito não for grave, ambos podem sarar naturalmente. Quando o defeito for inferior a 3mm, pode basicamente sarar antes da idade de um ano, se for inferior a 5mm, há uma certa possibilidade de cura, se for superior a 1cm, não há basicamente nenhuma possibilidade de cura natural, e apenas a reparação cirúrgica pode ser realizada. Os defeitos do septo atrial geralmente não têm manifestações clínicas na infância, e sintomas como o aperto do peito e a má resistência só aparecerão após os 20 anos de idade. Complicações do defeito do septo ventricular incluem endocardite e insuficiência cardíaca, que são relativamente mais graves do que as do defeito do septo atrial.