Não existe qualquer argumento clínico sobre qual o medicamento antivírico mais eficaz, os doentes têm de escolher medicamentos antivíricos razoáveis de acordo com a sua própria situação e sob a orientação dos médicos. Normalmente, para os doentes infectados pelo VIH, pode ser utilizada a lamivudina, a zidovudina, a emtricitabina, o tenofovir e outros inibidores da transcriptase reversa prescritos pelo médico, mas também pode ser utilizado o tratamento com efavirenz, nevirapina e outros inibidores da transcriptase reversa não nucleósidos. Para a infeção por citomegalovírus, os doentes podem optar por ser tratados com medicamentos antivirais como o ganciclovir, o cidofovir e o adefovir. Se o doente tiver hepatite viral, os medicamentos antivíricos, como a lamivudina, o entecavir, o aciclovir e o valaciclovir, também podem ser utilizados conforme prescrito. E medicamentos antivirais como o aciclovir, o ganciclovir e o vasiclovir também podem ser utilizados para tratar infecções por vírus do herpes. Para o tratamento do vírus da gripe e do vírus respiratório, os doentes podem também utilizar medicamentos antivíricos como a amantadina, a ribavirina e o oseltamivir. Os doentes são aconselhados a escolher medicamentos antivíricos razoáveis para o tratamento, de acordo com as suas próprias condições e após avaliação pelos médicos, para evitar atrasos.