As possíveis condições para as manchas calcificadas nos rins são cálculos renais, rins esponjosos medulares ou hiperparatiroidismo. Os rins não costumam calcificar, o cálcio deposita-se principalmente nos ossos. Se o cálcio se depositar nos rins, chama-se cálculo renal. A causa mais comum de calcificações renais é a formação de cálculos renais, principalmente devido a uma dieta pobre, como a ingestão excessiva de alimentos que contêm purinas, ácido oxálico e cistina. Esta situação, combinada com a falta de actividade física e de água, pode originar cálculos renais, que podem ser observados numa radiografia ou numa TAC aos rins. O segundo é o rim esponjoso medular, uma doença congénita com predisposição genética, em que aparecem manchas calcificadas na medula do rim. A segunda é o hiperparatiroidismo, principalmente porque as glândulas paratiróides regulam os desequilíbrios entre o cálcio e o fósforo. Se ocorrer hiperparatiroidismo, pode causar calcificação metastática, que transporta o cálcio para o rim e apresenta manchas calcificadas.