O metronidazol é um medicamento contra-indicado durante a gravidez e não deve ser tomado de ânimo leve. Se tomado durante a formação de um ovo fertilizado, não terá um efeito significativo sobre o ovo fertilizado. Se tomado dentro de 18 dias após a relação sexual, não afectará o feto, mas se for tomado fora dos primeiros 18 dias de gravidez, terá algum efeito sobre o feto. Se o feto estiver no seu primeiro trimestre, o período mais importante para o seu crescimento e desenvolvimento, não deverá ser um problema se o medicamento não for tomado durante muito tempo e não causar um aborto espontâneo. Se for tomado durante um período particularmente longo, pode levar à ocorrência de uma taxa de malformação fetal. Um exame 4D do bebé é necessário mais tarde para determinar se existem quaisquer anomalias no bebé.