A pílula contraceptiva de emergência não deve ser utilizada com frequência e nunca como último recurso. As instruções da pílula indicam que não deve ser tomada mais de três vezes num ano. A pílula é utilizada apenas como um remédio após a falha da contracepção convencional e é uma medida de primeiros socorros. Se for utilizada durante muito tempo e com frequência, pode provocar perturbações endócrinas na mulher, o que pode afectar a menstruação e provocar perturbações menstruais, que se manifestam por menstruação precoce ou atrasada, mais ou menos menstruação e, em casos graves, amenorreia e até consequências de infertilidade. Por conseguinte, recomenda-se que as mulheres tomem boas medidas contraceptivas e reduzam a utilização de pílulas contraceptivas de emergência.