O endométrio é o local onde o embrião é depositado e cresce, mas em estados patológicos, como a endometrite, a endometriose e a adenomiose, o endométrio pode ser transformado num antigénio ou semi-antigénio, estimulando o organismo a produzir ele próprio os anticorpos correspondentes. Os anticorpos anti-endometriais são auto-anticorpos que utilizam o endométrio como antigénio alvo e desencadeiam uma série de respostas imunitárias que, quando combinadas, podem depositar-se no endométrio e nas lesões ectópicas e, através da activação do complemento, destruir a estrutura do endométrio. Foi relatado que em mulheres com endometriose e infertilidade, a taxa positiva de anticorpos anti-endometriais no sangue é significativamente mais elevada do que em controlos normais, com a taxa de detecção de anticorpos anti-endometriais no soro da endometriose a atingir 70%-80%. Estudos clínicos demonstraram que o endométrio ectópico é antigénico e pode induzir o organismo a produzir anticorpos endometriais, que, quando presentes numa mulher, podem levar à infertilidade, à interrupção da gravidez ou a um aborto espontâneo.