A chave para a prevenção do vírus da varíola dos macacos consiste em controlar a fonte de infeção, cortar os meios de transmissão e proteger as pessoas susceptíveis. De acordo com os resultados de investigações epidemiológicas, as principais fontes de varíola dos macacos são roedores infectados com o vírus da varíola dos macacos, e primatas como macacos, chimpanzés e seres humanos podem também tornar-se fontes infecciosas após a infeção. Por conseguinte, nas zonas infectadas, é necessário evitar, tanto quanto possível, o contacto com agentes infecciosos. Na perspetiva de cortar a via de transmissão, o vírus da varíola dos macacos pode invadir o corpo humano através das membranas mucosas e da pele gretada, pelo que temos de nos afastar o mais possível dos animais infectados para evitar sermos mordidos ou arranhados por eles e ficarmos infectados. No caso dos doentes, a infeção transmite-se principalmente de pessoa para pessoa através do contacto próximo e da transmissão por gotículas, pelo que é necessário fazer um bom trabalho de proteção pessoal na vida quotidiana e prestar atenção ao trabalho diário de desinfeção para evitar o contacto com objectos contaminados pelo vírus e ficar infetado. Uma vez que o vírus da varíola dos macacos é geralmente suscetível à população, embora não exista uma preparação de vacina específica para a prevenção da varíola dos macacos, existe um certo grau de proteção cruzada contra o vírus da varíola dos macacos nas pessoas que receberam a vacina contra a varíola no passado, pelo que a vacinação contra a varíola pode ser utilizada para alcançar o efeito de prevenção.