Os quistos fisiológicos são quistos mais pequenos do ovário, que são pequenos em tamanho e geralmente desaparecem após a menstruação, pelo que os quistos fisiológicos não afectam a gravidez. Os quistos fisiológicos são quistos do ovário provocados por uma secreção hormonal anormal, cujo tamanho normalmente não ultrapassa os 3 cm, e não afectam a função ovulatória do ovário nem a função da trompa de Falópio. Os quistos são, em geral, mais pequenos quando são examinados de novo e desaparecem após a menstruação, pelo que não afectam a gravidez. Se o quisto persistir ou aumentar de tamanho aquando da revisão, o quisto é patológico e existe o risco de rutura ou torção, o que pode afetar a gravidez. Por conseguinte, é importante efetuar um exame físico completo antes de engravidar, e quaisquer anomalias encontradas devem ser tratadas rapidamente para que o corpo esteja nas melhores condições possíveis antes de se preparar para a gravidez.