O tratamento do tumor mesenquimatoso extramural do reto consiste principalmente na ressecção cirúrgica, que pode ser combinada com a terapia medicamentosa orientada para a molécula e outras formas. O mesotelioma extramural do reto é um tipo de mesotelioma gastrointestinal e o seu princípio de tratamento é o mesmo que o do mesotelioma gastrointestinal. Para aqueles que são claramente identificados como tumores mesenquimatosos por testes patológicos, recomenda-se que a ressecção cirúrgica seja a primeira escolha, desde que existam condições cirúrgicas. No caso de tumores mesenquimatosos temporariamente irressecáveis, com elevado risco de cirurgia ou cuja ressecção afecte a função dos órgãos, pode ser efectuada em primeiro lugar uma terapêutica medicamentosa molecular orientada e a cirurgia pode ser efectuada após a redução do tumor, sob controlo da doença. Para além da cirurgia, a terapia medicamentosa orientada é também um meio importante de tratamento, e os medicamentos de terapia orientada habitualmente utilizados incluem o imatinib, entre outros. A terapia molecular dirigida pode reduzir o tamanho do tumor, que pode lutar pela possibilidade de ressecção cirúrgica radical, e pode reduzir o âmbito da ressecção cirúrgica, reduzir o risco, e pode reduzir a possibilidade de disseminação médica. Os medicamentos acima mencionados devem ser utilizados sob a orientação de médicos, sendo proibido o uso não autorizado de medicamentos; o aparecimento de tumores mesenquimais gastrointestinais deve ser prontamente consultado e cooperar ativamente com o tratamento prescrito pelo médico.