A heparina é administrada durante a gravidez para dois fins: um é para proteger o feto; o outro é para prevenir a trombose venosa. Nas fases iniciais da gravidez, há algumas mulheres grávidas cujo sangue no corpo está num estado hipercoagulável e que também têm uma doença com um elevado estado de coagulação do sangue. Neste caso, se a coagulação for relativamente elevada, pode facilmente levar a um aborto espontâneo, pelo que é necessário dar-lhes heparina para preservar o feto, como muitos que têm transferência embrionária. No final da gravidez, há muitas mulheres grávidas que estão em alto risco de desenvolver coágulos sanguíneos, tais como D-dímeros elevados, fluxo de sangue lento na veia cava inferior, acumulação de glóbulos vermelhos e assim por diante. Estas mulheres têm um risco muito elevado de desenvolver trombose venosa após o parto e, portanto, necessitam de anticoagulação com heparina.