A artrite reumatóide é uma doença auto-imune e no seu tratamento, o metotrexato actua como um importante imunossupressor com boa eficácia. A razão para o metotrexato no tratamento da artrite reumatóide é que, como inibidor da folate redutase, inibe principalmente a dihidrofolato redutase, o que por sua vez impede a redução do dihidrofolato ao tetrahidrofolato biologicamente activo, bloqueando assim a transferência de grupos de um carbono durante a biossíntese de nucleótidos de purina e pirimidina, resultando na inibição da biossíntese do ADN. Tem também um efeito inibidor sobre a timidina nucleotídica sintase, mas menos sobre o RNA e a síntese de proteínas. O tratamento da artrite reumatóide está principalmente relacionado com a inibição da actividade dos linfócitos T e, portanto, com a supressão da actividade imunitária anormal.