Os efeitos secundários da depilação por fotões são menores, em alguns casos podem causar queimaduras térmicas locais na pele, pigmentação ou infeção, cicatrizes e outras consequências adversas. A depilação por fotões adopta o princípio da fototermólise selectiva de uma fonte de luz intensa pulsada, utilizando as células de melanina no folículo piloso para absorver a luz de comprimentos de onda específicos, provocando a geração de calor no folículo, destruindo assim seletivamente o folículo piloso e obtendo o efeito de remoção do pelo, evitando danos nos tecidos circundantes. No processo de tratamento a laser, se a energia for demasiado elevada ou incorretamente operada, uma grande quantidade de energia térmica será acumulada num curto período de tempo e produzirá danos térmicos nos tecidos locais, sendo comuns na clínica a vermelhidão, o inchaço, as bolhas, etc., que podem ser reduzidos através da aplicação de compressas de gelo imediatamente após o tratamento a laser para reduzir a probabilidade de ocorrência de tal situação. A depilação por fotões actua sobre as partículas de melanina da pele, acelerando o seu metabolismo. No entanto, se os cuidados após o tratamento a laser não forem bons, como a exposição ao sol ou a fricção mecânica, etc., porque a função de barreira da pele não foi totalmente restaurada, é mais provável que deixe pigmentação. Os maus cuidados locais após a terapia com fotões facilitam o aparecimento de foliculite, infeção da ferida por queimadura térmica, etc., a infeção é mais grave ou o tratamento inadequado pode deixar pigmentação e cicatrizes graves. Se ocorrer algum dos desconfortos acima referidos, recomenda-se que os doentes se dirijam a instituições médicas regulares a tempo de evitar consequências adversas.