A utilização prolongada da pílula não é recomendada porque é composta por estrogénio e progesterona e a sua utilização prolongada pode ter efeitos adversos no organismo. Tanto os contraceptivos de acção curta como os de acção prolongada podem levar a uma função endócrina anormal dos ovários e causar perturbações do metabolismo dos lípidos ou retenção de água e sódio. A pílula contraceptiva de emergência não faz parte da pílula contraceptiva normal e é composta por grandes doses de progestina, que tem muitos efeitos secundários. Embora os contraceptivos de curta duração façam parte da pílula contraceptiva normal, recomenda-se sobretudo que as mulheres verifiquem as suas funções hepáticas e renais no abdómen depois de a tomarem durante cerca de seis meses e que parem de a tomar durante três meses antes de a continuarem a tomar, para reduzir os efeitos adversos no organismo.