Para determinar a causa da fosfatase alcalina elevada, os pacientes com elevações fisiológicas devem beber leite diariamente, comer alimentos ricos em proteínas e cálcio, tais como peixe, camarão, carne magra e ovos, apanhar mais luz solar, tomar óleo de fígado de bacalhau oralmente se necessário sob a orientação de um médico, e fazer exercício físico. As elevações patológicas são tratadas com diferentes medicamentos, dependendo da causa, e os alimentos não são muito úteis. Para doenças hepáticas, tais como icterícia obstrutiva, um aumento acentuado da fosfatase alcalina deve levar à libertação da obstrução; para pedras, coledocotomia, drenagem do tubo T ou CPRE endoscópica deve ser considerada; para pacientes com tumores, deve ser feita a ressecção radical; para pacientes com doenças renais que causam fosfatase alcalina elevada, a ingestão de proteínas deve ser restringida; para pacientes com anemia grave, devem ser feitas transfusões de sangue e fumarato ferroso oral pode ajudar a alterar a anemia.