A gastroscopia pode ser uma alternativa à esofagoscopia, e o estado específico do esófago pode ser observado durante a gastroscopia. A gastroscopia entra pelo nariz ou pela boca e examina o esófago antes de passar pelo estômago e pelo duodeno, pelo que a gastroscopia permite um melhor rastreio da esofagite, da gastrite e da doença duodenal e permite a realização de uma biópsia patológica sem necessidade de uma nova esofagoscopia. A esofagoscopia é geralmente utilizada para o exame da parede lateral do tubo digestivo e aplica-se apenas ao esófago, ao passo que a gastroscopia é mais abrangente e amplamente utilizada. A maioria das unidades opta mais frequentemente pela gastroscopia e a utilização da esofagoscopia é atualmente relativamente rara.