Não existe um tratamento medicamentoso eficaz para os cálculos da via biliar intra-hepática e a ingestão de medicamentos à base de plantas não desaloja os cálculos da via biliar intra-hepática. Os cálculos da via biliar intra-hepática são geralmente tratados por cirurgia. Os cálculos biliares intra-hepáticos assintomáticos podem ser tratados sem tratamento especial e requerem apenas observação e acompanhamento regulares. Quando surgem sintomas como dor no abdómen superior, febre e iterícia, deve ser efectuado um tratamento cirúrgico, através de métodos cirúrgicos como a coledocotomia, a anastomose biliar-intestinal e a hepatectomia parcial. Uma vez que é mais comum os cálculos permanecerem após a cirurgia dos cálculos da via biliar intra-hepática, é normalmente necessário um tratamento de acompanhamento após a cirurgia, que inclui coledocoscopia sinusoidal com tubo de transdrenagem para extração de cálculos, laser, litotripsia de plasma e outros métodos para eliminar os cálculos residuais. A descoberta de cálculos na via biliar intra-hepática deve ser feita atempadamente no hospital, sob a orientação do médico, para efetuar um tratamento regular.