O custo da cirurgia para um defeito do septo atrial cardíaco é de cerca de $20.000 a $50.000. Se for necessário tratamento cirúrgico de coração aberto, pode ser de $20.000 a $30.000, e a intervenção médica pode ser de $40.000 a $50.000. Dependendo do tratamento e dos materiais necessários, os custos específicos podem variar. O defeito do septo atrial é principalmente reparação cirúrgica, e o prognóstico é geralmente muito bom, com uma esperança de vida natural média de 50 anos, com alguns sobrevivendo 70 anos. Se o defeito for grande, é provável que ocorra hipertensão pulmonar e insuficiência cardíaca e que o prognóstico seja mau. O prognóstico para defeitos sem o fechamento do primeiro forame também é pobre, e alguns podem desenvolver arritmias, mais comumente fibrilação atrial, dentro de 10-20 anos após a cirurgia.