No caso dos quistos da epiglote, a maioria dos procedimentos cirúrgicos é minimamente invasiva. Após o diagnóstico de quistos da epiglote, os quistos pequenos e assintomáticos podem ser tratados sem qualquer tratamento especial, sendo suficiente uma observação regular. Para cistos grandes que causam sintomas clínicos, o tratamento cirúrgico deve ser a primeira escolha. Atualmente, os procedimentos cirúrgicos habitualmente utilizados incluem a excisão do quisto epiglótico assistida por plasma hipotérmico laringoscópico suportado, cirurgia de desobstrução, etc. A maioria destes procedimentos cirúrgicos é atualmente minimamente invasiva e alguns deles são mesmo procedimentos ambulatórios, em que o doente pode deixar o hospital após um período de observação pós-cirúrgica. O tipo de cirurgia a escolher tem de se basear nas circunstâncias próprias do doente, como o tamanho do corpo, a condição física habitual, o historial de alergias, a profissão, etc., bem como nas condições médicas do hospital onde o doente está internado, combinadas com a experiência clínica e o nível de operação do médico, para selecionar o método cirúrgico mais adequado para o doente e fazer um bom trabalho de manutenção pós-operatória, com a premissa de garantir a segurança médica.