A gravidade da estenose anal em recém-nascidos depende do diâmetro do ânus. Determinar se a estenose anal neonatal é grave ou não tem de ser determinado caso a caso e não pode ser generalizado, mas depende principalmente do grau de estenose anal e das complicações. Um diâmetro significativamente mais pequeno do ânus e do canal anal está associado a um estado grave e a manifestações clínicas pesadas. Em segundo lugar, existe a possibilidade de complicações, como o megacólon secundário. No caso de estenose anal ligeira, pode ser tratada de forma conservadora com alterações na dieta, amaciadores fecais e dilatação anal mecânica. No caso de estenose anal moderada a grave, deve ser considerado o tratamento cirúrgico, como a anoplastia ou a esfincterotomia. Quando a estenose anal está presente em recém-nascidos, estes têm de ir ao hospital e cooperar com o médico para um tratamento ativo.