As desvantagens da cirurgia de ablação do cancro do pulmão são a possibilidade de danificar os tecidos pulmonares, a possibilidade de recidiva da doença e o facto de alguns doentes poderem sentir desconforto como dor, tosse, hemorragia e fadiga após o tratamento. O cancro do pulmão é um tipo de tumor maligno originado na mucosa brônquica ou nas glândulas dos pulmões, enquanto que a cirurgia de ablação utiliza principalmente o efeito térmico dos ultra-sons para atravessar os tecidos humanos, reunir-se na área-alvo designada e acumular a energia até uma intensidade suficiente, destruindo assim os tecidos na área-alvo e atingindo o objetivo de danificar a área da lesão. Os desvios no tratamento de ablação podem levar a uma falha na punção ou à ablação incompleta da lesão, especialmente se o local do tumor for profundo, o que pode danificar o tecido pulmonar normal. Uma vez que o procedimento de ablação apenas trata a área local, mas não mata completamente as células cancerígenas, as células cancerígenas residuais deixadas após o tratamento podem voltar a aparecer. Alguns doentes podem apresentar sintomas incómodos como dor, tosse, hemorragia, fadiga e vómitos após o tratamento, e alguns doentes podem também ser acompanhados de complicações como pneumotórax e derrame pleural. Se os doentes com cancro do pulmão sentirem desconforto após a cirurgia de ablação, têm de descobrir atempadamente a causa da doença.