Na presença de defeito do septo atrial, o sangue flui do bypass esquerdo para o direito, o volume de sangue do coração direito aumenta, ocorre o aumento do átrio direito e do ventrículo direito, a parede ventricular engrossa, as artérias pulmonares dilatam-se em graus variáveis, o volume de sangue na circulação pulmonar aumenta, e a pressão da artéria pulmonar aumenta. À medida que a doença progride, as paredes das pequenas artérias pulmonares sofrem hiperplasia endotelial, espessamento da camada média e estreitamento do lúmen, aumentando assim a resistência vascular pulmonar. A hipertensão pulmonar muda de dinâmica para resistência, com aumento da pressão no átrio direito e no ventrículo direito, e nas fases tardias da doença, a pressão atrial direita excede a do átrio esquerdo, com um shunt direita-esquerda e um cadinho púrpura clínico e insuficiência cardíaca.