Os procedimentos de ablação por radiofrequência cardíaca podem causar alguns danos no coração, tais como bloqueio da condução, trombose e embolia, perfuração da válvula aórtica e, em casos graves, tamponamento cardíaco e fístula esófago auricular esquerda. A ablação por radiofrequência cardíaca é um tipo de cirurgia intervencionista minimamente invasiva através de cateter de eléctrodos multipolares, aplicando energia eléctrica, congelação e outras formas de necrose do miocárdio nos focos de arritmia ou na área de condução anormal, de modo a remover as células miocárdicas anormalmente excitáveis, entre as quais a taxa de recorrência da arritmia por crioablação é superior à da ablação eléctrica por radiofrequência. O procedimento tem as vantagens de baixo trauma, alta segurança, alta taxa de sucesso, etc. No entanto, algumas complicações podem ocorrer devido ao nível da técnica de operação, como bloqueio de condução, trombose ou mesmo embolia, perfuração da válvula aórtica, hemopneumotórax, sangramento, lesão miocárdica e elevação de enzimas séricas. Em casos graves, podem ocorrer complicações como tamponamento cardíaco, fístula esófago auricular esquerda e estenose da veia pulmonar. É importante notar que, embora a ablação por radiofrequência cardíaca possa ser prejudicial para o coração, a taxa de sucesso do procedimento ainda é relativamente elevada, pelo que não atrase o seu estado de saúde evitando o tratamento devido a possíveis danos no coração.