A ablação não causa danos graves ao corpo humano, mas as suas complicações frequentes incluem hemorragia, infeção, alergia a fármacos anestésicos, hematoma, dor, arritmia cardíaca, etc., que têm de ser ativamente geridas. Durante a ablação, podem ocorrer hemorragias intra-operatórias e alergia a fármacos anestésicos devido a um manuseamento incorreto e, em casos graves, podem ocorrer consequências graves como pneumotórax, tamponamento pericárdico e arritmia cardíaca. Se o procedimento de ablação não for corretamente tratado, podem ocorrer doenças infecciosas no pós-operatório, bem como vermelhidão, inchaço e dor térmica na ferida. Por conseguinte, a ablação tem de ser efectuada de forma normalizada, sob a orientação de um médico e em conjugação com a situação específica de cada um, e os sinais vitais do doente têm de ser detectados de perto durante e após a operação. As complicações devem ser tratadas atempadamente e devem ser prestados cuidados pós-operatórios para evitar infecções, devendo ser efectuados controlos pós-operatórios regulares para evitar a recorrência da doença.