O diagnóstico clínico é o diagnóstico do médico sobre o estado do doente e a patogénese, que não pode constar do relatório de patologia. O relatório de patologia é o tecido intercetado do local da lesão do doente, através de secção congelada, coloração e outras etapas. O diagnóstico clínico é geralmente efectuado pelo médico através da consulta, da recolha de registos médicos e do diagnóstico, pelo que não constará do relatório de anatomia patológica. O conteúdo do relatório anatomopatológico inclui principalmente o aspeto do tecido da biópsia, a estrutura celular e as alterações patológicas, quer sejam benignas ou malignas, geralmente comunicadas pelo patologista, sendo o diagnóstico conclusivo designado por “diagnóstico anatomopatológico”; enquanto o diagnóstico clínico se baseia na causa da doença, na natureza do local da lesão, combinada com os resultados anatomopatológicos, para determinar a doença e o processo de tratamento. O diagnóstico no relatório de patologia é mais do que o diagnóstico patológico, que é o resultado do julgamento do patologista, e é consistente com o diagnóstico clínico na maioria dos casos.