Existem muitos efeitos secundários da toma prolongada de bicarbonato de sódio, sendo alguns dos mais comuns a indigestão, a hipernatrémia, a insuficiência renal e a alcalose metabólica. O bicarbonato de sódio é uma substância alcalina, pelo que tem um efeito antiácido e é normalmente utilizado no tratamento da dor de estômago, azia e sensação de azia causadas pelo excesso de ácido no estômago. Se for tomado durante um longo período de tempo, terá um efeito neutralizante sobre o ácido do estômago, afectando a digestão e a absorção dos alimentos e provocando sintomas de indigestão, como perda de apetite, náuseas e plenitude epigástrica. Os iões de sódio nele contidos provocam hipernatrémia, aumentam a carga de excreção de sódio pelos rins humanos, podendo mesmo causar danos na função renal, e provocam também alcalose metabólica. Além disso, a utilização prolongada pode também provocar sintomas como micção frequente, urgência urinária, dores de cabeça persistentes e fadiga e fraqueza invulgares. Não é recomendado para crianças com menos de seis anos de idade, apendicite ou sintomas semelhantes sem um diagnóstico confirmado, bem como a presença de sintomas de hemorragia gastrointestinal. Este medicamento deve ser aplicado sob controlo médico e não deve ser tomado durante um longo período de tempo. Em caso de reacções adversas, recomenda-se que se dirija ao hospital o mais rapidamente possível e que tome as medidas necessárias sob a orientação de um médico.