Não existe a melhor forma de eliminar as bactérias anaeróbias. O principal é destruir ou eliminar o ambiente em que as bactérias anaeróbias crescem e se reproduzem, e os métodos comuns são o tratamento medicamentoso e o tratamento cirúrgico. 1) Tratamento medicamentoso: os medicamentos habitualmente utilizados são o metronidazol, a clindamicina e a noretindrona vancomicina e outros medicamentos antibacterianos, que têm um certo efeito no tratamento das bactérias anaeróbias. Para além da infeção anaeróbia tetânica, a antitoxina tetânica pode ser utilizada para neutralizar a toxina e controlar a evolução da doença. Quando a infeção anaeróbia ocorre na pele superficial e na membrana mucosa, pode ser utilizada uma solução de peróxido de hidrogénio para lavar, destruir o ambiente anaeróbio e eliminar as bactérias anaeróbias. 2) Tratamento cirúrgico: O objetivo do tratamento cirúrgico é principalmente destruir o ambiente anaeróbio e aumentar o fornecimento de oxigénio. Inclui incisão, desbridamento, drenagem e descompressão de lesões locais, remoção de tecidos necróticos ou cavidades ineficazes, lavagem com solução de peróxido de hidrogénio, bem como excisão de tumores malignos coexistentes, remoção de obstruções e trombos. Quando ocorrem infecções anaeróbias, a zona lesionada deve ser imediatamente exposta, transportada para um hospital e tratada para eliminar as bactérias anaeróbias.