A cirurgia minimamente invasiva do defeito do septo atrial é realizada através de cateterização cardíaca, com a reparação do septo atrial realizada sob cateterização cardíaca, principalmente sob a forma de reparação de remendos e reparação directa da sutura. Se o defeito do septo for relativamente pequeno, pode ser reparado por sutura directa, que é relativamente barata mas aumenta a tensão do septo e aumenta a probabilidade de deslocamento pós-operatório e cicatrização deficiente. Se o defeito do septo atrial for maior, pode ser reparado com um remendo, que tem menos tensão pós-operatória e menos reacções pós-operatórias, mas como corpo estranho, o remendo pode ser rejeitado pelo corpo, induzindo assim uma inflamação local. A escolha da abordagem cirúrgica específica tem de ser julgada pelo cirurgião, de acordo com o estado real da criança.