Em muitos casos, os pacientes que se apresentam ao hospital com sintomas como distensão e dor no abdómen superior são frequentemente aconselhados por gastroenterologistas a submeterem-se a uma gastroscopia por ser tão versátil. Do ponto de vista diagnóstico, proporciona uma boa visão e compreensão das lesões papilares no esófago, cárdia, estômago, bolbo do duodeno, descendente, e a abertura do ducto biliar comum. Não só pode observar directamente o local, extensão e grau da lesão, como também pode ampliar a lesão dezenas ou mesmo centenas de vezes para observar cuidadosamente o padrão de abertura da glândula e ajudar a determinar o estado da doença, ou manchá-la para observação, fornecendo ao clínico informações informativas e fiáveis. Se necessário, as biópsias podem ser retiradas de lesões suspeitas e depois sujeitas a exame patológico para esclarecer a natureza da lesão. Por exemplo, para determinar o grau de gastrite crónica e a presença ou ausência de metaplasia epitelial intestinal, para identificar lesões ulcerativas benignas ou malignas, e para detectar cancro gástrico numa fase precoce. Assim, com a ajuda da gastroscopia, o diagnóstico médico de gastrite crónica e de úlceras pépticas pode ser elevado de uma compreensão morfológica para uma compreensão citológica. Isto resulta num diagnóstico mais preciso da doença e fornece mais orientação sobre o tratamento e o prognóstico. A gastroscopia também pode ser fotografada e gravada em vídeo para investigação clínica, ensino, investigação científica e aplicações de comparação pós-tratamento. A gastroscopia não é apenas utilizada para o diagnóstico de doenças do tracto gastrointestinal superior, outra característica importante da gastroscopia é a sua capacidade de realizar uma variedade de tratamentos gastroscópicos.