Os sintomas de pacientes com defeito do septo atrial na infância e na primeira infância estão relacionados com o tamanho do defeito. Em casos ligeiros, as manifestações clínicas podem não ser óbvias, e o diagnóstico é frequentemente confirmado pela detecção de sopro cardíaco durante o exame físico; em casos grandes, o fluxo fracionário é grande e o pulmão está obviamente congestionado, tornando-os susceptíveis à broncopneumonia e afectando o crescimento e desenvolvimento devido ao insuficiente fluxo sanguíneo na circulação. Em casos de choro severo, respiração suspensa, pneumonia ou insuficiência cardíaca, a pressão atrial direita pode exceder o átrio esquerdo, e pode aparecer um shunt temporário da direita para a esquerda, resultando em cianose. medida que o doente envelhece, os doentes com defeito do septo atrial podem apresentar atraso no crescimento, menor tolerância à actividade, infecções respiratórias recorrentes, suor excessivo, e um coração aumentado, aumento da pressão e resistência da circulação pulmonar, insuficiência cardíaca, e arritmias atriais. Como a maioria dos defeitos do septo atrial apresenta sintomas ligeiros, a maioria dos pacientes não é detectada até à adolescência ou idade adulta, e alguns pacientes perderam a oportunidade de tratamento no momento do diagnóstico ou não conseguiram regressar à função normal da circulação cardíaca e pulmonar, o que afecta seriamente a tolerância à actividade do paciente, qualidade de vida, esperança de vida, competitividade social, e bem-estar psicológico. Em pequenos defeitos, o desenvolvimento do paciente pode não ser afectado; em grandes defeitos, pode haver atraso no crescimento, desperdício, fraqueza, suor excessivo, e falta de ar após a actividade. Ao examinar o coração, há uma região precordial elevada, fronteiras cardíacas alargadas, e pulsações elevadas à palpação. Um sopro sistólico de grau II-III pode ser ouvido na região da válvula pulmonar devido à estenose relativa da válvula pulmonar. Com um alto fluxo de shunt da esquerda para a direita, um sopro de rumor diastólico produzido pela estenose relativa da válvula tricúspide pode ser ouvido abaixo da borda esternal esquerda. Em casos de dilatação marcada da artéria pulmonar ou hipertensão pulmonar concomitante, podem ouvir-se sons de karaté sistólico precoce na região da valva pulmonar.