Existem dois tipos de defeitos do septo atrial: o primeiro é um pequeno defeito do septo atrial, que não tem impacto significativo no corpo e a criança não tem um desconforto óbvio. Neste caso, a criança pode ter vacinações normais. No segundo caso, o defeito do septo atrial é relativamente grande e tem um impacto na hemodinâmica cardíaca, com complicações tais como estase pulmonar, insuficiência cardíaca ou infecção pulmonar grave. Neste caso, recomenda-se adiar o tratamento de injecção profiláctica, sendo geralmente recomendada a realização da cirurgia de reparação do defeito do septo atrial quando os sinais vitais estiverem estáveis, e depois realizar o tratamento de injecção profiláctica após o estado do paciente ter estabilizado.