Normalmente intratáveis como condição congénita, as anomalias cromossómicas Y com microdeleções podem afectar a fertilidade masculina. As deleções clinicamente comuns dos cromossomas Y A, B e C podem afectar a função nervosa dos testículos, levando à azoospermia ou oligospermia grave, que por sua vez afecta a fertilidade masculina normal, mas não tem qualquer efeito sobre o resto da saúde masculina ou função sexual. Para pacientes com necessidades de fertilidade, a FIV ou outros métodos de reprodução assistida são necessários para obter descendência. Se o paciente tiver uma microdelecção do cromossoma Y que resulte em azoospermia, será necessário um procedimento cirúrgico para encontrar esperma e depois FIV. No caso de eliminação dos cromossomas Y A e B, a probabilidade de encontrar esperma é baixa e a cirurgia não é recomendada, caso em que a descendência pode ser obtida através de um doador de banco de esperma. No caso da eliminação da região do cromossoma Y C, o esperma pode ser encontrado através da recuperação de micróspermes testiculares. Normalmente para as microdeleções dos cromossomas Y, não se recomenda a medicação por ser ineficaz e não pode ser usada para alterar a eliminação dos cromossomas e também para melhorar a função dos nervos testiculares.