A quimiablação septal percutânea é um tratamento destrutivo que envolve a cauterização com álcool dos vasos sanguíneos septais adequados (o local da obstrução) com álcool anidro, resultando na interrupção do fornecimento de sangue miocárdico à obstrução septal e necrose isquémica do miocárdio na área, resultando na perda da contratilidade miocárdica na área e na redução ou ausência da contratilidade miocárdica na via de saída no local da obstrução quando o ventrículo esquerdo se contrai como um todo. Isto resulta num alargamento relativo do tracto de saída e numa redução ou desaparecimento dos sintomas clínicos. Uma vez que se trata de um tratamento invasivo e intervencionista, existe um certo risco associado ao tratamento, e isto é agravado pelo facto de o paciente ter problemas com o próprio miocárdio, ou de a cardiomiopatia ter causado complicações no paciente, e o risco de intervenção aumentar. A ablação química está, portanto, condicionada, para além da diferença de passo de pressão descrita anteriormente, pelo vaso septal adequado, pelos sintomas clínicos do paciente, pelo efeito fraco do medicamento tomado pelo paciente, pelas condições do hospital do operador, pela experiência de todas as partes envolvidas e pelo estado em que o paciente se encontra. O tratamento intervencionista é, portanto, condicional e é necessária uma análise e avaliação exaustivas para se conseguir um tratamento seguro e eficaz.