Para os pacientes com fístulas, especialmente aqueles com fístulas altas e complexas, compreender a direcção da fístula e encontrar a abertura interna são fundamentais para o sucesso da operação. É por isso que uma RM de um paciente com uma fístula, especialmente uma de alta complexidade, pode ajudar o cirurgião a compreender a forma da fístula e a encontrar a localização da abertura interna, se possível, o que pode melhorar o diagnóstico e a cura. Se souber exactamente onde está a abertura interna e o curso da fístula é claro, as hipóteses de uma cura cirúrgica pontual são maiores e a anatomia é compreendida. É por isso que é recomendado que os pacientes com fístulas anais, especialmente aqueles com fístulas altas e complexas, façam uma RM, que pode ser muito útil antes da cirurgia.